印刷熊本地震を受け、日本キリスト教協議会（ＮＣＣ）に加盟する教団・教派や団体も、九州に教会や関連組織があるところで被災者支援を行い、被害状況を伝えている。
日本基督教団は、公式サイトで教会の被災状況を伝えるとともに、同社会委員会が緊急救援募金を呼び掛けている。また、同九州教区が「熊本地震」救援対策本部を設置して活動を行っている。
日本聖公会管区事務所は公式ブログで「九州地震被災者支援献金のお願い」と題し、同九州教区に「九州地震被災者支援室」が設置され、熊本聖三一教会を拠点として信徒の安否や近隣地域の現状把握に努め、体制を整えつつあることを伝えるとともに、今年中を当面の募金期間として、献金を同管区事務所宛てに送るよう呼び掛けている。また、同支援室は１９日付の第一信で、九州教区にある教会での被害状況や支援活動について伝え、犠牲者や避難者のための祈りを呼び掛けている。
日本バプテスト連盟も２０日、公式サイトに「『２０１６年熊本地震』災害をおぼえて お祈りと募金のお願い」と題する文書を写真入りで掲載し、連帯を呼び掛けている。
日本福音ルーテル教会も公式ブログ「２０１６年熊本地震」で熊本地区の被害状況を報告するとともに、「熊本地震」現地対策本部フェイスブックを開設し、情報を発信している。
日本ＹＭＣＡ同盟は、熊本地震緊急支援募金で地域コミュニティー復興を前提とした「熊本地震・ＹＭＣＡ救援・復興募金」と、被災ＹＭＣＡ（熊本ＹＭＣＡと熊本大学ＹＭＣＡ花陵会）の再建・運営支援を目的とした「熊本地震・被災ＹＭＣＡ支援募金」という２種類の募金を行い、公式サイトで日本語と英語でそれぞれ呼び掛けている。英語のサイトには、アジア・太平洋ＹＭＣＡ同盟から届いた被災者に対する連帯のメッセージが掲載されている。
日本ＹＭＣＡ同盟によると、熊本ＹＭＣＡには１４の運営・管理施設があり、益城町総合運動公園は、行政からの指定管理施設として管理している。熊本ＹＭＣＡは現在、益城町総合運動公園体育館で行政と全国から駆けつけたスタッフらと共に、約１２００人の避難者の支援を行っている。全国から駆けつけたＹＭＣＡスタッフの中には、東日本大震災をはじめとした災害対応の経験者も含まれている。
日本ＹＷＣＡは九州のＹＷＣＡを拠点として、女性と子どもの安全と安心のために被災者支援を行い、被災者支援募金への協力を公式サイトで呼び掛けている。活動の様子は、順次フェイスブックで報告しており、そこでは、被災した熊本ＹＷＣＡ会館の様子が伝えられている。世界ＹＷＣＡが英語で募金を呼び掛けているほか、海外のＹＷＣＡからもメッセージが寄せられている。さらに、川内原発を止めようという署名運動への協力も呼び掛けている。
キリスト教保育連盟は公式サイトで、熊本・大分地方の大地震と余震の被害者や避難者へのお見舞いと祈りの言葉とともに、１８日付で同連盟の片山知子理事長の名で「熊本・大分地方地震災害被災地の皆様へ」と題する文章を掲載。さらに、被害にあった保育施設に送る支援献金のお願いを呼び掛けている。
