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「わかちあいプロジェクト」（代表理事＝松木傑・元日本福音ルーテル聖パウロ教会牧師）は、元難民が南スーダンの戦争孤児のストリートチルドレンを守り、学校を設立するのに協力する「南スーダンこども支援」を、２０１２年から同国北部ワラプ州のトゥラレイ町ほかで行っている。
また、カトリックでは、２０１２年１月に「イエスのカリタス修道女会」が宣教女５人を南スーダンに派遣。同修道女会のシスター下崎優子らが首都ジュバに近いグンボという村で診療所や子どもセンターを開設した。
同修道女会日本管区（東京都杉並区）が本紙に電話で語ったところによると、シスター下崎は安全上の理由から今年の７月にジュバから避難した後、南スーダンに戻って再び活動を続けているという。シスター下崎は、最近ではオリエンス宗教研究所「聖書と典礼」（２０１６年８月１５日）で「南スーダンでのマリアさまの助け」という文章を著している。
一方、ワールドビジョン・ジャパンは、南スーダンの紛争の犠牲になり、平和を知らずにエチオピアの難民キャンプで暮らす南スーダンの子どもたちの教育のために、８月３日、公式サイトで「危機を食い止めるため、求められる人道支援」として、募金を呼び掛け、現在も継続中。
さらに、日本国際飢餓対策機構も、南スーダン中部にあるレイク州の州都ルンベックにあるマブイ小学校で、飢餓や栄養不良に苦しむ子どもたちに、学校給食支援を２０１５年９月７日から２０１７年３月３１日まで行っている。
