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最新の文化庁編『宗教年鑑』（平成２８〔２０１６〕年版）によると、平成２７（２０１５）年１２月３１日現在（以下同）、文部科学大臣所轄包括宗教法人として登録されているキリスト教会（伝道所などは含まず）の総数は５７４３、教師数は１万０４８５（うち外国人は１９３６）人、信者数は９６万８０６６人。
文化庁文化部宗務課（千代田区霞が関）は１９４９年以降、統計報告を毎年１２月末現在で取りまとめ、単立宗教法人については、それを所轄する都道府県で取りまとめて報告が行われるようになり、毎年、『宗教年鑑』を刊行してきた。この統計は宗教法人を対象として、その関連で非法人宗教団体をとらえているので、非法人宗教団体ばかりの包括宗教団体や単立宗教団体はこの統計の対象外となる。これらの統計は、それぞれ文部科学大臣・都道府県知事所轄の包括宗教法人や単立宗教法人、包括宗教団体からの報告に基づいて作成されている。
『宗教年鑑』は毎年、文化庁ウェブサイトにてＰＤＦファイルで公表され、９５年以降のバックナンバーも見ることができる。第１部「日本の宗教の概要」には、１９～２３ページ（最新版）に日本のキリスト教各派の伝道の歴史が手短にまとめられている。第２部「宗教統計」では、８０～８５ページに後ほど紹介する各教派ごとの教会数や信者数、４３～４４ページに都道府県別の教会や信者数の表が掲載されている。第３部「宗教団体一覧」では、１１９～１２２、１４４～１５７、１６３、１６７～１６８ページにキリスト教宗教法人の代表役員名と連絡先がある。
カトリック、正教会、そして教会数（伝道所などは含めない）が１００以上あるプロテスタント主要教派の信者数ランキングは以下の通り。
教会数 教師数（うち外国人） 信者数
１ カトリック ７８５ １３８３（５１９） ４４万３７２１
２ 日本基督教団 １５２１ ３２９８（７０） １１万９２２３
３ 聖公会 ２７９ ２６９（２９） ５万０５１２
４ バプテスト連盟 ２８４ ４４４（４７） ３万４８３０
５ 福音ルーテル １２２ ８４（３） ２万１９４１
６ セブンスデー １７５ ７７（１２） １万４７９７
７ 同盟基督教団 ２４５ ４８１（８４） １万２４０５
８ アッセンブリー １６４ ４０９（４４） １万２１６２
９ 日本キリスト教会 １３６ １６０（２） １万１６３７
１０ イムマヌエル １１４ ２１２ １万１５７９
１１ キリスト改革派 １４４ １１２（４） ９８１０
１２ 正教会 ５６ ３６（２） ９５１８
１３ 日本イエス １２８ ２１６（３） ８２４８
１４ ホーリネス １６１ ２４８（７） ７５９４
この統計によると、キリスト教人口のうち、約４６パーセントがカトリック、それ以外の約５４パーセントがプロテスタント各派や正教会ということなる。
ちなみに、カトリック中央協議会は６月１日、来年発行の『宗教年鑑』に先駆けて２０１６年末時点での「カトリック教会現勢」を発表したが、それによると、カトリック信者数は４４万１１０７人で、前年と比べて２６１４人減っている。ただし、この中には外国籍信徒は含まれていない。
全国のキリスト教信者の多い都道府県ランキングは以下の通り（括弧内は都道府県の２０１６年１０月１日の推計人口と人口ランキング）。
１ 東京 ８５万９６０３（１３６３万６２２２、１位）
２ 神奈川 ３０万７１６１（９１４万５５７２、２位）
３ 大阪 ７万４９９９（８８３万７８１２、３位）
４ 長崎 ６万５５９８（１３６万６５１４、２９位）
５ 兵庫 ６万２０７５（５５２万０５７５、７位）
６ 福岡 ４万７１１０（５１０万６７０７、９位）
７ 北海道 ４万６３０４（５３５万２３０６、８位）
８ 愛知 ４万５１２１（７５０万７６９１、４位）
９ 埼玉 ３万７９８５（７２８万８０８１、５位）
１０ 千葉 ３万６１８５（６２４万０４０８、６位）
信者の少ない都道府県ランキング。
１ 福井 ２１２３（７８万２２３２、５位）
２ 島根 ２７３０（６８万９８１７、２位）
３ 富山 ３０３８（１０６万１３９３、１１位）
４ 鳥取 ３２２３（５６万９５７９、１位）
５ 徳島 ３４２８（７５万０２１０、４位）
６ 高知 ４０７７（７２万０９０７、３位）
７ 佐賀 ４３２４（８２万８３８８、６位）
８ 岩手 ４４１９（１２６万８０８３、１６位）
９ 秋田 ４６８７（１００万９７０５、１０位）
１０ 山梨 ４７２３（８２万９８８４、７位）
これは各宗教法人による報告に基づいてまとめられた統計であるため、日本人の総人口１億２５５８万３６５８人（住民基本台帳に基づく２０１７年１月１日時点の人口動態調査による）に対して、「我が国の信者数」が１億８８８９万２５０６人とあるように、正確な実数とは言えない。また、異端とされるモルモン教（教会２６５、教師１０９１、信者１２万８７６１）などもキリスト教の中に入れられている。
上記の統計は、文部科学大臣所轄包括宗教法人として登録されているキリスト教会を対象としたものだが、この他にも『宗教年鑑』には、都道府県知事所轄包括宗教法人（９２～９３ページ）やその他（それ自身は宗教法人になっていないが、それに包括される団体のうちに宗教法人がある包括宗教団体、９８～１０１ページ）も載っている。
