印刷宗教法人ヨハン東京キリスト教会（東京都新宿区）は、同教会の前代表役員であった金圭東（キム・ギュドン）牧師が、性的不道徳行為と身体的被害を加えるなどの行為を行った一連の事件に対し、「教界の皆様へ お詫び」と題する文章を、同教会の公式サイトで公開した。文章では、金牧師が辞任に至るまでの経緯を説明し、「被害者の方々と日本教会および韓国教会のすべての方々の前で深い謝罪の言葉を申し上げます」と謝罪。被害者の癒やしと回復のために努力を尽くし、透明で健全な教会運営を行うとするなど、６つの決意を表明した。
発表された文章によると、金牧師は、長年にわたって教職者や元教職者、信徒に対してセクハラ行為を行っていたことが、同教会の内部調査委員会の調査で明らかになったという。さらに、一部の幹部と親族のみで行う不透明な財政管理と、金牧師による常習的な暴力行為があったことも認められたという。
金牧師は８月２２日、一連の事件についての責任を認め、謝罪。同教会の代表役員や、韓国にある社団法人ヨハン宣教会の理事長など全ての役職から身を引くことを明らかにした。謝罪文では、「傷つけられた被害者の方々の為に、これから残りの全生涯を通してお許しを求め、その傷が癒されるように全力を尽くしてまいります」などとし、被害者や同教会の教職、信徒、また金牧師の家族らへ対する謝罪の言葉をつづっていた。
金牧師の処遇をめぐっては、当初は同教会の法人規則の解任事由に当たることから解任が考えられていたが、金牧師を支持する役員が過半数を占めていたため、解任に必要な３分の２以上の賛成を得られず断念。辞任を促したが、金牧師からは具体的な退職金の金額など、いくつかの辞任条件が提示されたという。退職金の支払いは不必要と考えていたが、一連の事件で教会が混乱しており、信徒の信仰生活の安定化、一刻も早い事態の収束のためには、金牧師が提示した辞任条件への合意が不可欠であると判断し、合意。１０月１０日に退職金を支払ったという。
同教会はこうした経緯を説明した上で、「この事件による被害者の方々と日本教会および韓国教会のすべての方々の前で深い謝罪の言葉を申し上げます。この事態が早急に収束され速やかに安定し、継続的に神の国が日本の地に建てられていくことを切に願いながら、次のようにヨハン教会連合の決意を明らかにします」とし、下記の６点を挙げた。
第一に、今回の事件に対して三位一体の主の前で深い謝罪の意を表します。日本と韓国の福音主義教会と団体に対して傷と被害を与えたことに謝罪します。
第二に、この事件による被害者の方々に教会を代表して謝罪し、癒しと回復のためにすべての努力を尽くします。
第三に、私たちは教会の名誉を失墜させたことの責任を痛感し、改革しようと福音主義の神学と精神に立って、聖書の確固たる真理に従って生きるように最善を尽くします。教会のリーダーシップ、日本教会、韓国教会との関係、宣教師の方々との交わり、宣教の働き、教会の構造などに関して、改善するように最善を尽くします。
第四に、日本と韓国の福音主義教会の指導を謙虚に受け入れ、これからも積極的に協力します。
第五に、イエス・キリストの十字架の死と復活の福音を伝え、イエス様の弟子たちを養育し、真の牧者の姿勢で日本宣教に臨みます。
第六に、ごく一部の人により、秘密裏に行われていた教会の運営を信徒全ての前に公にし、信徒総意による健全な教会運営を行っていきます。ヨハン教会連合を愛して下さり、祈ってくださっている日本と韓国教会の全ての方々に心から感謝を申し上げ、持続的にヨハン教会連合が日本宣教と世界宣教に用いられるようにお祈りをお願いいたします。
文章は、同教会の現在の代表役員代務者である林牧師と、責任役員一同の名で出され、クリスチャン新聞（１１月３０日号）やキリスト新聞（１２月６日号）にも、謝罪広告として掲載された。
