『宗教年鑑』の最新版（２０１９〔令和元〕年版）によると、「キリスト教系」に分類される宗教団体の総信者数は１９２万１４８４人（前年比３５０人減）で、全宗教人口に占める割合は１・１％だった。一見すると、よく言われる「日本のキリスト教人口は１％」の根拠になりそうだが、さまざまな点からこの数字をそのままその根拠とすることはできない。
まず『宗教年鑑』は、文化庁が毎年実施している日本国内の宗教統計調査をまとめたものだが、調査は各宗教法人の報告に基づいて行われている。信者の定義や資格などは各宗教法人で異なるため、信者数については各宗教法人で重複することもある。そのため、全宗教法人から報告された信者の総数は約１億８１１３万人と、実人口約１億２６１５万人（２０１９年１２月１日時点、概算値）の約１・４４倍となっている。
さらに、「キリスト教系」と分類される宗教団体には、一般にキリスト教界からは「異端」とされている末日聖徒イエス・キリスト教会（モルモン教）や、ものみの塔聖書冊子協会（エホバの証人）、世界平和統一家庭連合（統一協会）なども含まれている。
この内、モルモン教については包括宗教法人であるため『宗教年鑑』で信者数が公表されており、２０１９年版では１２万７５３５人（前年比３６９人増）だった。一方、エホバの証人と統一協会については、単立宗教法人であるため信者数などは公表されていない。しかし、エホバの証人が発表している「２０１９奉仕年度（１８年９月１日～１９年８月３１日）の報告」によると、その信者数（伝道者最高数）は２１万２６５１人（同１５１人減）。また、国際宗教研究所・宗教情報リサーチセンターの「教団データベース」によると、統一協会の信者数は５６万人（２０１５年）だ。これら３つの宗教団体の信者数を合わせると約９０万人となる。そのため、『宗教年鑑』で「キリスト教系」に分類される信者約１９２万人のうち、実質的なキリスト教信者は約１００万人ということになる。これを前述の実人口で計算すると、日本のキリスト教人口は全人口の０・７９％ということになる。
一方、『宗教年鑑』は宗教法人をベースにした調査であることから、宗教法人化されていない宗教団体は調査の対象外となっている。そのため、０・７９％という数字をもっても、直ちに日本のキリスト教人口ということはできない。しかし、主要な教団の多くは宗教法人化されているため、大幅な増加は見込めないとみられる。そうしたことから、日本のキリスト教人口は０・８％前後といっても差し支えないかもしれない。
実際に、東京基督教大学（千葉県印西市）の国際宣教センター内に設置されている日本宣教リサーチ（ＪＭＲ）が、『キリスト教年鑑』『日本カトリック司教協議会イヤーブック』『クリスチャン情報ブック』のほか、各教団発行の資料などを基に行った調査によると、２０１７年度の日本のキリスト教信者の概数は１０５万人で、全人口に占める割合は０・８３％とされている（関連記事：日本のキリスト教信者は１０５万人、人口比０・８３％ 日本宣教リサーチ）。ただし、これらの数字も、あくまで各教団や各教会から「信者」として認識されているクリスチャンの数という前提は付くことになる。
以下に、『宗教年鑑』（２０１９年版）を基に、信者数の多いキリスト教系の教団上位１５位と、キリスト教系信者数の多い都道府県上位１０位、またキリスト教系信者数の少ない都道府県上位１０位をまとめた。（ ）内は前年の信者数。
■ 信者数の多いキリスト教系教団上位１５位
- カトリック教会 ４４万８９３人（４４万８３２人）
- 日本基督教団 １１万１０９０人（１１万５５０２人）
- 日本聖公会 ４万７８８６人（４万８４４９人）
- 日本バプテスト連盟 ３万３７２９人（３万４１２１人）
- 日本福音ルーテル教会 ２万１８５８人（２万１９０８人）
- セブンスデー・アドベンチスト教団 １万４９３２人（１万５２０７人）
- イエス之御霊教会教団 １万４５８０人（１万４３４４人）
- 日本同盟基督教団 １万２３４９人（１万２４５５人）
- 日本アッセンブリーズ・オブ・ゴッド教団 １万２２４８人（１万２２６９人）
- イムマヌエル綜合伝道団 １万１２０１人（１万１３８８人）
- 日本キリスト教会 １万９４５人（１万１２６５人）
- 日本キリスト改革派教会 ９７９２人（９７６５人）
- 日本正教会 ９４８５人（９５１６人）
- 日本イエス・キリスト教団 ７５６５人（７７２６人）
- 日本ホーリネス教団 ７３１９人（７３９３人）
※ 末日聖徒イエス・キリスト教会（モルモン教、１２万７５３５人〔１２万７１６６人〕）は除く。
■ キリスト教系信者数が多い都道府県上位１０位
- 東京 ８６万９４４３人（８６万３７０８人）
- 神奈川 ３０万３５３０人（３０万３７５９人）
- 大阪 ７万６６５４人（７万３３５７人）
- 長崎 ６万４１７４人（６万４７５８人）
- 兵庫 ５万９００７人（６万１７１６人）
- 福岡 ４万６７９１人（４万５８８３人）
- 愛知 ４万６２００人（４万５４８５人）
- 北海道 ４万５６５５人（４万６３５３人）
- 埼玉 ３万８９９９人（３万８７６６人）
- 千葉 ３万６２０９人（３万６７５０人）
■ キリスト教系信者数が少ない都道府県上位１０位
- 福井 ２２３４人（２１４８人）
- 富山 ２７００人（２９２４人）
- 島根 ２７１０人（２７２２人）
- 鳥取 ３２００人（３１４２人）
- 徳島 ３２４２人（３５０２人）
- 高知 ３８７５人（４００１人）
- 岩手 ４２３８人（４３２１人）
- 佐賀 ４２５４人（４２４０人）
- 秋田 ４４６７人（４５７１人）
- 香川 ４７２７人（４６８４人）
※ 都道府県別のランキングでは、『宗教年鑑』の統計上、末日聖徒イエス・キリスト教会（モルモン教）や、ものみの塔聖書冊子協会（エホバの証人）、世界平和統一家庭連合（統一協会）なども「キリスト教系」の信者数に含まれている。