文化庁が、最新となる２０２１（令和３）年版の『宗教年鑑』を発表した。それによると、「キリスト教系」に分類される宗教団体の総信者数は１９１万５２９４人で、前年に比べて０・３%増加。全宗教団体の総信者数に占める割合は１・０６％だった。その一方で、多くの主要教団では信者数が減少。教会や布教所などの宗教団体数は前年から２減って８５４４、教師数は前年比０・４%減の３万１３３９人で、いずれも微減した。
『宗教年鑑』は、各宗教法人の報告に基づき文化庁が毎年発表しているもの。信者の定義や資格などに違いがあることなどから、信者数については各宗教団体で重複することもある。そのため、全宗教団体の総信者数は１億８１１４万６０９２人と、実人口の約１億２５４７万人（２０２１年１２月１日時点、概算値）の約１・４４倍となっている。
調査は宗教法人ベースで行われているため、非法人宗教団体のみを有する包括宗教団体（教団など）や、非法人単立宗教団体は調査の対象外となっている。また、キリスト教系に分類される宗教団体には、一般にキリスト教界からは「異端」とされている末日聖徒イエス・キリスト教会（モルモン教）や、ものみの塔聖書冊子協会（エホバの証人）、世界平和統一家庭連合（統一協会）なども含まれている。
統計は、各宗教団体を「神道系」「仏教系」「キリスト教系」「諸教」の４つに分類。信者数が最も多いのは神道系で８７９２万４０８７人。次が仏教系で８３９７万１１３９人、諸教が７３３万５５７２人となっている。神道系は前年に比べて１・２%減少、仏教系は１%減少、諸教は０・９%減少しており、増加はキリスト教系のみ。
キリスト教系の信者数を教団別で見ると、最も多いカトリック教会は前年比０・６%減の４３万５０８３人、２番目に多い日本基督教団は同１・８%減の１０万９５９３人、続く日本聖公会は同２・５%減の４万５９７４人で、いずれも減少した。日本バプテスト連盟（４位、３万３２３３人、同１・２%減）や日本福音ルーテル教会（５位、２万１７１９人、同０・７%減）も減少しており、信者数の多い教団上位１５位で増加したのは、セブンスデー・アドベンチスト教団（６位、１万５０１１人、同０・２％増）、日本アッセンブリーズ・オブ・ゴッド教団（９位、１万１７５３人、同０・５％増）、日本ホーリネス教団（１５位、７３１０人、同０・７％増）の３教団のみだった。
都道府県別で見ると、キリスト教系の信者数が最も多いのは東京都で８７万８５１１人（同１万２１人増）、２位は神奈川県で３０万２８７１人（同３０人増）、３位は大阪府で７万６８４３人（同５４９０人増）だった。一方、最も少なかったのは福井県で２１６１人（同７６人増）、次が島根県で２６８３人（同３人減）、続く富山県が２７０９人（同１０４人減）だった。
信者数の多いキリスト教系の教団上位１５位と、キリスト教系信者数の多い都道府県上位１０位、キリスト教系信者数の少ない都道府県上位１０位は次の通り。（ ）内は前年の信者数。
■ 信者数の多いキリスト教系教団上位１５位
- カトリック教会 ４３万５０８３人（４３万７６０７人）
- 日本基督教団 １０万９５９３人（１１万１５８８人）
- 日本聖公会 ４万５９７４人（４万７１５０人）
- 日本バプテスト連盟 ３万３２３３人（３万３６３６人）
- 日本福音ルーテル教会 ２万１７１９人（２万１８６９人）
- セブンスデー・アドベンチスト教団 １万５０１１人（１万４９８８人）
- イエス之御霊教会教団 １万４０４２人（１万４３６０人）
- 日本同盟基督教団 １万２２３５人（１万２６６１人）
- 日本アッセンブリーズ・オブ・ゴッド教団 １万１７５３人（１万１６９５人）
- 日本キリスト教会 １万５９６人（１万８３４人）
- イムマヌエル綜合伝道団 １万３０３人（１万１２０１人）
- 日本キリスト改革派教会 ９６８６人（９７３９人）
- 日本正教会 ８９９１人（９４６８人）
- 日本イエス・キリスト教団 ７３１２人（７４２９人）
- 日本ホーリネス教団 ７３１０人（７２６１人）
※ 末日聖徒イエス・キリスト教会（モルモン教、１２万３５０２人〔１２万８１３２人〕）は除く。
■ キリスト教系信者数の多い都道府県上位１０位
- 東京 ８７万８５１１人（８６万８４９０人）
- 神奈川 ３０万２８７１人（３０万２８４１人）
- 大阪 ７万６８４３人（７万１３５３人）
- 長崎 ６万２３５３人（６万２９７５人）
- 兵庫 ５万８１８２人（５万７８６７人）
- 福岡 ４万６２０９人（４万６５８４人）
- 北海道 ４万４２６０人（４万５０５８人）
- 愛知 ４万３５１１人（４万６９１５人）
- 埼玉 ３万９２４８人（３万８９９７人）
- 千葉 ３万６０５８人（３万５８９４人）
■ キリスト教系信者数の少ない都道府県上位１０位
- 福井 ２１６１人（２０８５人）
- 島根 ２６８３人（２６８６人）
- 富山 ２７０９人（２８１３人）
- 徳島 ３０３５人（３０７３人）
- 鳥取 ３１００人（３４０３人）
- 高知 ３６５６人（３７８０人）
- 岩手 ３９４３人（４２４８人）
- 佐賀 ４２１０人（４２４３人）
- 秋田 ４２４５人（４３１８人）
- 山梨 ４６２１人（４７４７人）
※ 都道府県別のランキングでは、『宗教年鑑』の統計上、末日聖徒イエス・キリスト教会（モルモン教）や、ものみの塔聖書冊子協会（エホバの証人）、世界平和統一家庭連合（統一協会）なども「キリスト教系」の信者数に含まれている。